Spack¶
应用介绍¶
Spack是专为大型超级计算中心设计的自动化包管理器，支持各种平台和环境中的多个版本和软件配置。
使用指南¶
安装Spack¶
在集群中，需要安装在自己目录下。
首先下载spack压缩包，解压到自己目录中，并配置环境变量。
以spack-0.17.1.tar.gz为例
$ mkdir $HOME/spack #在自己目录下新建spack目录
将spack-0.17.1.tar.gz文件复制到该目录下后解压缩。
$ cd $HOME/spack
$ tar -xf spack-0.17.1.tar.gz #解压缩spack包
$ ls #spack已经解压缩到spack-0.17.1目录中
spack-0.17.1 spack-0.17.1.tar.gz
配置环境变量，并使之生效。
$ echo '. $HOME/spack/spack-0.17.1/share/spack/setup-env.sh' >> ~/.bashrc
$ source ~/.bashrc
查看Spack软件包¶
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查询Spack可安装的软件包 |
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查找当前Spack环境中已经安装的软件包 |
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查看指定软件的信息，包括版本、依赖等 |
spack list会显示当前Spack中所有可以安装的软件包。可以通过指定名称name筛选。Spack会返回所有包含该名称的软件包，不区分大小写。
$ spack list sql
mysql py-agate-sql py-mysqlclient py-pysqlite3 r-rmysql sqlite
mysqlpp py-aiosqlite py-mysqldb1 py-sqlalchemy r-rpostgresql sqlite-jdbc
perl-dbd-mysql py-azure-mgmt-sql py-pygresql py-sqlalchemy-stubs r-rsqlite sqlitebrowser
perl-dbd-sqlite py-azure-mgmt-sqlvirtualmachine py-pymysql py-sqlalchemy-utils r-sqldf
postgresql py-mysql-connector-python py-pysqlite py-sqlparse sqlcipher
加上-d参数，会同时在名称和描述中查找包含该字段的软件包。
想进一步了解软件包的信息，可以使用spack info [name]，可以看到软件包的描述、版本、安装参数和依赖关系等等。
spack find显示当前安装的软件包。所有软件包会根据它们的架构和编译器被分成若干组。
$ spack find
==> 103 installed packages
-- linux-centos7-cascadelake / gcc@10.1.0 -----------------------
autoconf@2.69 libpciaccess@0.13.5 openmpi@2.1.6
autoconf-archive@2019.01.06 libsigsegv@2.12 openmpi@3.1.6
automake@1.16.2 libtool@2.4.6 perl@5.30.2
environment-modules@4.5.1 libxml2@2.9.10 pkgconf@1.7.3
gcc@10.1.0 m4@1.4.18 readline@8.0
gdbm@1.18.1 mpc@1.1.0 tcl@8.6.8
gmp@6.1.2 mpfr@4.0.2 util-macros@1.19.1
hwloc@1.11.11 ncurses@6.2 xz@5.2.5
isl@0.21 numactl@2.0.12 zlib@1.2.11
libiconv@1.16 openmpi@2.0.0 zstd@1.4.5
-- linux-centos7-haswell / gcc@4.8.5 ----------------------------
autoconf@2.69 gdbm@1.18.1 libxml2@2.9.10 pkgconf@1.6.3
autoconf-archive@2019.01.06 gettext@0.20.2 m4@1.4.18 pkgconf@1.7.3
automake@1.16.2 gmp@6.1.2 mpc@1.1.0 readline@8.0
binutils@2.34 isl@0.18 mpc@1.1.0 tar@1.32
bzip2@1.0.8 isl@0.21 mpfr@3.1.6 texinfo@6.5
diffutils@3.7 libiconv@1.16 mpfr@4.0.2 xz@5.2.5
gcc@7.5.0 libsigsegv@2.12 ncurses@6.2 zlib@1.2.11
gcc@10.1.0 libtool@2.4.6 perl@5.30.2 zstd@1.4.5
-- linux-ubuntu18.04-cascadelake / gcc@9.3.0 --------------------
binutils@2.34 gcc@8.4.0 isl@0.18 mpc@1.1.0 tar@1.32
bzip2@1.0.8 gettext@0.20.2 libiconv@1.16 mpfr@3.1.6 xz@5.2.5
gcc@7.5.0 gmp@6.1.2 libxml2@2.9.10 ncurses@6.2 zlib@1.2.11
-- linux-ubuntu18.04-skylake_avx512 / gcc@7.4.0 -----------------
gcc@8.4.0 gmp@6.1.2 isl@0.18 mpc@1.1.0 mpfr@3.1.6 zlib@1.2.11
-- linux-ubuntu18.04-skylake_avx512 / gcc@7.5.0 -----------------
binutils@2.34 gettext@0.20.2 libiconv@1.16 ncurses@6.2
bzip2@1.0.8 gmp@6.1.2 libxml2@2.9.10 tar@1.32
gcc@8.4.0 isl@0.18 mpc@1.1.0 xz@5.2.5
gcc@9.3.0 isl@0.20 mpfr@3.1.6 zlib@1.2.11
-- linux-ubuntu18.04-skylake_avx512 / gcc@8.4.0 -----------------
anaconda3@2019.10 ncurses@6.2 pcre@8.44 zsh@5.4.2
安装软件包¶
spack install [name]会安装最新版本的软件包。输出信息最后一行[+]显示的是软件包安装位置。
如果希望安装不同的版本，可以在后面加上@、 %、 +/-、 ^等指定版本、编译器、特性和依赖等。
# 以下以hdf5为例
$ spack install hdf5 # 安装hdf5
# 通过 '@' 指定版本；
$ spack install hdf5@1.10.1 # 安装hdf5,版本为1.10.1
# 通过 '%' 指定编译器；
$ spack install hdf5@1.10.1 %gcc@4.7.3 # 版本为1.10.1，使用的编译器为 gcc 4.7.3
# 通过 +/- 开启或关闭特性
$ spack install hdf5@1.10.1 %gcc@4.7.3 +szip # 编译时enable szip
# 指定编译优化参数
$ spack install hdf5@1.10.1 %gcc@4.7.3 cppflags="-O3 -floop-block"
# ^ 指定依赖
$ spack install mpileaks@1.1.2 %gcc@4.7.3 +debug ^libelf@0.8.12 ^libdwarf@20130729+debug
通过加上不同的参数，可以指定软件包的版本、
常见问题¶
如果安装不成功，可以尝试
spack clean清除环境后再尝试安装。